Marmara surları üzerindeki köşk, 1593 yılında, dönemin Sadrazamı Arnavut asıllı Yemen ve Tunus fatihi, Koca Sinan Paşa tarafından mimar Davut Ağa’ya yaptırılmıştır.
Ardından, köşkü dönemin Padişahı Sultan III Murat’a hediye eder.
Köşk, ismini kubbesinden sarkan inci salkımı şeklindeki süslemelerden almış ve Avrupalılar tarafından incili köşk olarak isimlendirilmiştir.
Bu köşk, Boğazı resmeden gravürlerde en fazla resmedilen köşk olmuştur.
Bu köşk, Sultan III Murat tarafından en sevilen mekanların başında gelmiştir.
Köşk, bir merasim mekanı değil, bir seyir köşkü olarak yapılmıştır.
Denize bakan cephesinden donanma gösterileri izlenirmiş.
Ancak, rivayete göre: bir gün Padişah III Murat, burada otururken, İskenderiye’den dönen Osmanlı donanması, gelenekte olduğu üzere, saray önünden geçerken, sarayı selamlamak adına top atışı yapar.
Top atışı üzerine, yapı şiddetle sarsılır ve daha önce defalarca buradan geçmiş olmasına rağmen, donanmanın bu geçişi sıkıntı yaratır.
Hatta, bu sırada Padişahın oturduğu pencerenin camları kırılmış ve hasta padişah bu durumu hayra yormayarak, bu köşke son kez geldikleri hakkında bir işaret olarak değerlendirmiştir.
Ardından, sultan III Murat, birkaç gün sonra ölür ve bir daha bu köşke gelemez.
Yapının mimarı Davut Ağa: bu köşkü inşa ederken, onu taşıyan taş kemerlerin arasına küçük ve zarif bir çeşme ekler.
Çeşmenin bulunduğu yer, halkın rahatça kullanabileceği bir yer değildir.
Ancak yapı Bizans döneminde, şehrin ünlü manastırlarından biri yakınlarında kurulduğundan, bunun hemen yanındaki Soteros Ayazmasının üstünde bulunuyordu.
Bu ayazma, yortu günlerinde, şehirdeki Ortodoks halk tarafından, kıyıdaki çakıllar üstünde toplanarak ve çeşme kullanılarak kutlanıyordu.
Bu kutlamalar: Yunan ayaklanmasına kadar yani 1821 yılına kadar devam eder ve Padişahlar köşkün penceresinden, kıyıda toplanan Ortodoks Rumları yıllarca seyrederlermiş.
Daha sonraki dönemde, unutulan bu ayazma ve çeşme, 1921-1922 yıllarında şehirdeki Fransız işgal kuvvetleri tarafından yapılan kazılar sırasında bulunmuştur.
İncili köşk, Sultan III Murat’dan sonra da bazı Padişahlar tarafından kullanılmış ve 18’nci yüzyılın ikinci yarısından itibaren ihmal edilmeye başlanmıştır.
Hatta, 18’nci yüzyılın sonlarında, İstanbul’a gelen Fransız ihtilal hükümetinin gönderdiği elçi, Padişahın huzuruna bu köşkte çıkacağının bildirilmesi üzerine “harap bir güvercinlikte kabul edilmeyi istemiyorum” diyerek şehri terk etmiştir.
Köşk, Sultan Abdulaziz döneminde, 1871 yılında demir yolunun sahilden ve sarayın bahçesinden geçmesine izin vermesinden sonra, kıyıdaki kasır ve saraylarla birlikte yok edilmiştir.
